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  • 转录组测序
     

    特定组织或细胞在某一功能状态下转录的所有RNA的总和进行高通量测序。

     
    样本类型
    total RNA
     
    样本需求量
    ≥ 2 μg
     
    交付周期
    45天(可加急)

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    北京赛车pk10计划软件 www.jessx.net 转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的RNA的总和,主要包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。

    已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

    技术流程

     

    样本质检

    文库制备

    上机测序

    数据质控

    数据分析

    技术参数

     

    仪器平台

    HiSeq X,PE150

    数据量

    6 G及以上

    信息分析

    • 1Reads QC/QA
    • 2比对到参考基因组
    • 3mRNA 表达水平分析
    • 4基于mRNA 表达水平的QC
    • 5基因差异表达分析;差异表达基因筛选


    • 6差异表达基因的功能富集分析(GO,KEGG)
    • 7差异表达基因的蛋白功能富集分析(Pfam,KOG等)
    • 8差异表达基因PPI分析
    • 9特定功能的基因的差异表达情况


    • 10基因共表达分析
    • 11可变剪切分析
    • 12新转录本预测
    • 13SNP/InDel 分析
    • 14融合基因分析


    应用实例


    低龄急性成淋巴细胞性白血病病例中发现新的DUX4融合基因 

    Yasuda, T., et al., Recurrent DUX4 fusions in B cell acute lymphoblastic leukemia of adolescents and young adults. Nature genetics, 2016.

    研究人员利用HiSeq对73名患有B细胞急性成淋巴细胞性白血?。ˋLL)、T细胞ALL以及来源不明ALL年轻人的AYA-ALL(15~39岁)样本(所有患者属于白血病亚型,该亚型病例的特征是缺失BCR-ABL1融合或者费城染色体)进行了RNA测序分析,发现了十几个新的候选融合基因。将RNA测序和RT-PCR相结合,该团队研究了额外61例BCR-ABL1融合阴性的B细胞ALL患者样本三种最常见新融合的发生率,包括DUX4, ZNF384或MEF2D。最常见的融合是DUX4基因的重复序列插入免疫球蛋白IGH位点,该融合在10个样本中存在。虽然DUX4融合仅在青年人患者中出现,但ZNF384融合在该年龄段内更常见,而MEF2D融合在儿童患者人群和15~39岁B细胞ALL患者人群中都有检测到。后续的细胞系和小鼠模型实验结果表明,DUX4-IGH融合可能会促进B细胞谱系向B细胞白血病的发展。

    1.jpg

    图1. AYA-ALL中的融合基因

    2.jpg



    图2. DUX4参与的染色体重组

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